เดิมมหาวิทยาลัยศิลปากรเป็นส่วนราชการในสังกัดสำนักนายกรัฐมนตรีตามพระราชบัญญัติจัดระเบียบราชการสำนักนายกรัฐมนตรี พ.ศ. 2505 และต่อมาได้มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง การแบ่งส่วนราชการของมหาวิทยาลัยศิลปากร ฉบับลงวันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2514 ให้จัดตั้ง  “สำนักงานอธิการบดี” โดยให้แบ่งส่วนราชการเป็นกองกลางและแบ่งเป็น 4 แผนก คือ แผนกสารบรรณ แผนกคลังและพัสดุ แผนกบริการนักศึกษา และแผนกห้องสมุด

     ในปี พ.ศ. 2515 ได้มีประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง การแบ่งส่วนราชการของมหาวิทยาลัยศิลปากร ฉบับลงวันที่ 19 มีนาคม พ.ศ. 2515 ให้มีวิทยาลัยทับแก้ว โดยให้แบ่งส่วนราชการเป็น 5 แผนก คือ แผนกสารบรรณ แผนกบริการกลาง แผนกดูแลอาคารและสถานที่ แผนกห้องสมุดห้องสมุดเสียงและอุปกรณ์โสตทัศนศึกษา และแผนกการเงินและพัสดุ

     ต่อมาสำนักงานอธิการบดีแบ่งส่วนราชการออกเป็นกองและหน่วยงานที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเทียบเท่ากอง มีสถานะเป็นหน่วยงานที่เป็นส่วนราชการ จำนวน 5 กอง และเป็นหน่วยงานในกำกับ จำนวน 7 กอง ดังนี้

◊  กองที่เป็นส่วนราชการ  ◊

ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. 2532 ฉบับลงวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2532 ได้แก่

1) กองกลาง      2) กองกิจการนักศึกษา      3) กองงานวิทยาเขต      4) กองบริการการศึกษา       5) กองแผนงาน

◊  กองที่เป็นหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร  ◊

โดยมติสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ในการประชุมครั้งที่ 5/2550 เมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2550 ตามประกาศมหาวิทยาลัยศิลปากร เรื่อง การจัดตั้งและแบ่งหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2550 โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2550 เป็นต้นไป และมหาวิทยาลัยศิลปากรได้มีประกาศมหาวิทยาลัยศิลปากร เรื่อง การจัดตั้งและแบ่งหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร (ฉบับที่ 20) พ.ศ. 2556 ลงวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2556 แบ่งหน่วยงานในกำกับของมหาวิทยาลัยศิลปากร โดยการจัดตั้ง กองนิติการ และแบ่งหน่วยงานในกองการเจ้าหน้าที่ และสานักงานวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี ให้มีความเหมาะสมยิ่งขึ้นตั้งแต่วันที่ 9 พฤษภาคม 2556 เป็นต้นไป ได้แก่

1) กองการเจ้าหน้าที่       2) กองคลัง      3) กองนิติการ      4) กองบริการอาคาร สถานที่และยานพาหนะ พระราชวังสนามจันทร์

5) สำนักงานตรวจสอบภายใน      6) สำนักงานประกันคุณภาพการศึกษา      7) สำนักงานวิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรี

ปัจจุบันสำนักงานอธิการบดีแบ่งหน่วยงานภายในระดับกองหรือหน่วยงานภายในที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเทียบเท่ากอง และหน่วยงานย่อยระดับงานที่มีภาระหน้าที่เฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย ตามประกาศมหาวิทยาลัยศิลปากร เรื่อง การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานของมหาวิทยาลัยศิลปากร (ฉบับที่ 5) ลงวันที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2561 ดังนี้

หน่วยงานภายในระดับกองหรือหน่วยงานภายในที่เรียกชื่ออย่างอื่นที่มีฐานะเทียบเท่ากอง

หน่วยงานย่อยระดับงานที่มีภาระหน้าที่เฉพาะหรือตามยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัย